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Durante la invasión musulmana la ciudad permaneció en el mismo lugar en el que se encuentra hoy. A mediados del siglo IX se construyó una pequeña fortaleza militar conocida como Qal’at Abd al-Sälam, y a ella se desplazaron algunos habitantes de Alcalá buscando protección. Aún quedan restos de la misma frente a la ermita de Nuestra Señora del Val.

Cardenal Cisneros funda la universidad que durante los siglos XVI y XVII, se convirtió en el gran centro de excelencia académica a la altura de la Universidad de Salamanca y la de Valladolid.

Miguel Cervantes Saavedra, nace en Alcalá de Henares el 29 de septiembre de 1547.
Considerado como la máxima figura de la literatura española y universalmente conocido por haber escrito El ingenioso Hidalgo don Quijote de la Mancha, considerada como la primera
novela moderna y una de las mejores obras de la literatura universal, además de ser el segundo libro más editado y traducido de la historia, solo superado por la Biblia.

El corregidor de Alcalá D. Agustín de Quadros Rodríguez proclamaría el primer bando municipal que llamaba al levantamiento contra el ejército
francés, unas horas antes del afamado Bando de Móstoles. En 1813, El Empecinado ayudó en la defensa de la ciudad de Alcalá de Henares y en el puente de Zulema, sobre el río Henares venció a un grupo de franceses que le doblaban en número.

Alcalá había sido una ciudad marcadamente agrícola, militar y religiosa. En los años cuarenta comienza un proceso de industrialización, protagonizado inicialmente por la industria cerámica. En los años sesenta y setenta se produce un notable incremento de la población, la industria y los desarrollos urbanísticos.

Se produce el renacimiento cultural y la
recuperación del patrimonio histórico de la Universidad de Alcalá. En 1996 se acordó su
nombre definitivo, Universidad de Alcalá (la Universidad Central de Madrid había adoptado la denominación de Universidad Complutense de Madrid en 1970).